Ha pasado un año desde la Rebelión Negra, un levantamiento fallido contra el Sacro Imperio de Britannia liderado por el vigilante enmascarado Zero, que ahora está desaparecido. Perdidos sin su líder revolucionario, el grupo de resistencia del Área 11, los Caballeros Negros, se encuentran demasiado impotentes para combatir la brutalidad infligida a los Once por Britannia, que ha aumentado significativamente para aplastar cualquier esperanza de una futura revuelta. Lelouch Lamperouge, habiendo perdido todo recuerdo de su doble vida, vive en paz junto a sus amigos como estudiante de secundaria en la Academia Ashford. Su ex compañera C.C., incapaz de aceptar este giro de los acontecimientos, se encarga de recordarle su propósito pasado, con la esperanza de que la mente maestra de Zero se levante una vez más para terminar lo que comenzó.
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