Canaan sigue la historia de su protagonista epónima; una adolescente mercenaria de Oriente Medio que es enviada por sus superiores a la ciudad de Shangai en la República Popular China, donde se encuentra con María Ōsawa. Ahora convertida en fotógrafa, María se reúne con su amiga Canaan después de haber sido salvada de acoso durante un viaje a Oriente Medio hace años. Canaan no sabe que María sufre de amnesia parcial tras haber sido blanco de un misterioso ataque terrorista en Shibuya, Tokio; donde el virus Ua le fue implantado antes de que su padre Kenji pudiera salvar su vida usando un anti-virus creado por la Compañía Farmacéutica Okoshi. Sin embargo, su presencia en Shanghai se ve oscurecida por la próxima Conferencia Internacional Anti-Terroristas NBCR en la misma ciudad donde Alphard, el odiado rival de Canaan, planea organizar un ataque terrorista con sus subordinados conocidos como "Snake".
