En el año 2016, ocurrió una catástrofe después de que una fusión nuclear de la cercana planta de energía nuclear de Odaiba contamine Tokio, lo que obligó al gobierno a ordenar la evacuación de todos sus ciudadanos. Veinte años después de esta tragedia, Tokio se ha convertido en una ciudad fantasma debido a los altos niveles de radiación, por lo que el gobierno ha prohibido la entrada de cualquier persona a la ciudad. Sin embargo, cuando se recibe una señal de socorro desde la ciudad fantasma de Tokio, la Fuerza de Autodefensa Terrestre de Japón envía a tres adolescentes de la Tercera División de la Escuela Técnica "Coppelion". Debido a la ingeniería genética, las Coppelion son inmunes a la radiación y también poseen habilidades especiales. Así, las Coppelion viajan a la capital en ruinas para encontrar supervivientes.

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