Han pasado diez años desde el final de Bakumatsu, una era de guerra que vio el levantamiento de los ciudadanos contra el shogunato Tokugawa. Los revolucionarios querían crear una época de paz y un país próspero libre de opresión. Ha llegado la nueva era de Meiji, pero aún no se ha logrado la paz. Las espadas están prohibidas pero la gente sigue siendo asesinada en las calles. Los huérfanos de los veteranos de guerra no tienen adónde ir, mientras que el gobierno parece conformarse con llenarse los bolsillos con dinero. Un samurái errante, Kenshin Himura, todavía trabaja para asegurarse de que los valores por los que luchó valgan las vidas gastadas para lograr la nueva era. Una vez conocido como Hitokiri Battousai, fue temido como el asesino más despiadado de todos los revolucionarios. Ahora atormentado por la culpa, Kenshin ha jurado no volver a matar nunca más en expiación por las vidas que tomó, y es posible que nunca conozca la paz hasta que matar sea una cosa del pasado. Ahora, en el año 11 de Meiji, Kenshin se topa con Kaoru Kamiya, propietario e instructor principal de un pequeño dojo al que amenazan con cerrar sus puertas. La fuerza policial es impotente para detener la serie de asesinatos cometidos en nombre de su dojo por un hombre que dice ser el famoso Battousai. Los vagabundeos de Kenshin se detienen por ahora mientras se une a Kaoru para limpiar el nombre de ambos. Pero, ¿cuánto tiempo puede quedarse antes de que su pasado lo alcance?